慢性肝炎或者是由急性黄疸性肝炎失治演变而成，或者是感染乙肝病毒发作而成，治疗不当或失治，一少部分会演变成肝硬化、肝癌。本病虽然缠绵难愈，但针对性的治疗，还是有明显疗效的。对于延缓病情发展有效。甚至部分病人可以完全控制住病情。
对于慢性肝炎，孔老治疗有独到之处。孔老认为，肝脏气血俱厚，体阴而用阳。体阴者，肝藏血，乙癸同源，肾水滋生肝木，故以阴为本，今人体质多肝肾阴虚，且肝病湿热化火，易伤肝阴，故治肝病必须要注重养护肝阴。用阳者，是指肝气的条达功能。肝气是脾胃气机升降的调控者，直接影响脾胃的运化功能，肝气对肺气的宣发肃降，心神的安宁，也都有直接的影响，情绪的变化也直接影响肝气的运行，肝病必有肝气郁滞，故治疗上首先要疏理肝气。肝气郁滞必然会影响脾胃升降失常，脾运失常，必生脾湿，脾湿停滞，反过来又会影响肝气的条达。这样就会形成气郁湿阻之证，气滞湿阻日久，必然化热，而成肝胆湿热之证。
气郁湿阻日久，必生血瘀痰结，则成癥瘕。气滞湿阻痰结，循环不畅，则形成水停，而为腹水。
综上所述，孔老认为肝病的病机常有以下几方面：阴虚、肝郁、气滞、脾虚、湿阻、湿热、血瘀、痰凝、水停等。针对以上病机，孔老认为肝病的治疗应该从疏肝理气、解毒养阴、健脾化湿、软坚化瘀等法综合治疗， 临床疗效颇佳。
基本方：
生牡蛎生鳖甲各15g（先煎）生赭石12g 旋复花12g  绵茵陈30g  炒知柏各10g 川郁金10g  焦麦芽30g   条黄芩10g  川牛膝15g 青连翘10g  炒枳壳10g  莱菔子10g  滑石块15g 霍石斛30g 赤小豆30g
加减法：
肝区疼痛者酌加香附米10g、小青皮10g、川楝子10g 、延胡索10g、玳玳花10g、玫瑰花10g、佛手10g、广木香5g等二三味；
黄疸者或伴有胁痛加海金砂15g、鸡内金15g、金钱草30g；
大便不通可加全瓜蒌30g、川厚朴10g、焦槟榔10g、火麻仁、酒川军；
脾湿较盛者加云苓皮30g、川萆薢15g；
肝热较盛，加焦栀子10g、羚羊镑1.5个；转氨酶高者可加熟军5g；
肝肿瘤者可酌加白花蛇舌草15g、半枝莲15g；
脾虚者加炒白术10g、或焦白术10g；
湿热中阻加藿香10g、法半夏10g、川黄连5g、淡吴萸1g；
气虚者加生黄芪15g~30g；
肝阴不足者加鲜生地30g、鲜石斛30g、耳环石斛10g、杭白芍10g、老黄精15g；
肝性脑病者加辰砂3g、生磁石20g、菖蒲根15g、白蒺藜10g、羚羊镑1.5g、抽葫芦15g、冬瓜仁30g；
腹水者加五皮饮，云苓皮30g大腹皮10g、桑白皮10g、干姜皮6g、橘子皮10g络15g，或加水红花子15g、抽葫芦15g、冬瓜仁30g、车前子30g、瞿麦10g、萹蓄10g、炒二丑5g等；
下焦气化不行者加川椒目3g、北细辛3g，或加沉香面5g（布包同煎）
肝脉寒凝者加淡吴萸10g。
肝硬化、脾大者，正气不虚可加荆三棱10g、蓬莪术10g、炒二丑各5g。
方解：生牡蛎、生鳖甲咸寒益阴入下焦，养肝体而软坚散结，此二药是孔老治疗下焦阴虚的常用药，对于一般肝病如乙肝，也早期应用，可防止其它疏肝芳燥药物伤阴之弊，且有预防肝硬化的形成，对于肝硬化者，此二品更是软坚散结的主药。生赭石、旋复花镇肝降胃的常用药对，其中生赭石入肝经血分，有养肝血潜阳的作用，旋复花有下气、散结、行水之功，对肝病之气滞、湿阻、水停有良效。绵茵陈、川郁金、焦麦芽是孔老舒理肝气的常用药组，茵陈清利肝胆湿热，川郁金理气活血、焦麦芽重用疏肝理气的效果甚佳，三药配伍，肝经之气滞血瘀湿停均得运行，照顾周全。肝经气血湿之停滞，常影响胃气的正常和降，早期属于实证气之腹胀者多，当加炒枳壳、莱菔子以降气消胀，亦常见肝木郁而克伤脾胃者，此则“见肝之病，当先实脾”，宜加党参、茯苓、炒白术、生黄芪、砂仁等药以实脾。肝胆湿热者多，故常加酒芩、青连翘、赤小豆以配合茵陈清利肝胆湿热，炒知柏、川牛膝、滑石块入下焦引湿热下行。肝脾肿大者，体质较强，可酌加荆三棱10g、蓬莪术10g、炒二丑各5g配合生牡蛎、生鳖甲等活血软坚。正气不足者，虽有瘀血之证，但孔老对于活血药用之较慎，常以益气扶正之品佐之，以防消化道出血。此方在养阴的基础上理气化湿、解毒散结，对乙型肝炎、肝硬化属于阴虚肝热脾湿为患者，多有良效。甚至以此方加减治疗肝癌也有一定效果。